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實驗?zāi)康模?/strong>此次實驗樣品為人全血DNA;需要對生物DNA生物樣本需要打斷到150-300bp進行后續(xù)的測序建庫實驗,為得到這一片段長度下的樣本,需進行梯度預(yù)實驗。
實驗設(shè)備:高通量聲波基因組剪切儀 JXDNA-500PICO
樣品前處理實驗操作過程:
1.在實驗開始前,需要先提前準確好實驗超聲波剪切設(shè)備以及實驗所需應(yīng)用的耗材和若干的實驗樣品
2.將適配器放入水槽中,再打開冷水機對其進行預(yù)冷直至4度
3.對生物樣本進行稀釋,將其稀釋到同一濃度
4.把稀釋好的同一濃度的DNA樣本按照體積梯度將其投入樣品離心管內(nèi),標好編號,震蕩離心
5.把帶有樣品的離心管放入儀器的適配器內(nèi),但要注意水平配平,盡量將樣品放置在適配器外圈
6.啟動儀器,調(diào)節(jié)程序運行參數(shù),設(shè)置好能量,工作時間,間隙時間,循環(huán)工作,總時長梯度為17min,20min,25min
7.待儀器程序運轉(zhuǎn)結(jié)束后,即可取出樣本,進行電泳檢測
實驗操作注意事項:
1.同等條件下人體DNA樣本的打斷難度大于小鼠大于植物,而不同的實驗樣品需單獨進行預(yù)實驗,不可混用實驗結(jié)果
2.注意樣品離心管內(nèi)的樣本體積,需確保儀器內(nèi)水位要蓋住樣品
3.離心管需要配平,適配器壓蓋禁止傾斜,避免樣本開蓋污染
4.冷水機需要提前打開預(yù)冷,水流循環(huán)要調(diào)整穩(wěn)定不能過于激烈
樣品前處理實驗結(jié)果:
綜上結(jié)果可見,樣品投入量能影響檢測熒光強度,超聲打斷時間能影響片段長度。綜合下機樣品的片段長度和熒光強度,以及片段集中性,選擇20μL打斷25min作為實驗條件。
在高通量測序樣本制備過程中,DNA片段化處理是一個核心步驟。因此隨機、準確、集中無偏差的DNA片段化是保證DNA文庫質(zhì)量和均一性的關(guān)鍵一步。高通量聲波基因組剪切儀采用等溫、非接觸的方式對樣品進行打斷、勻漿和混合,為DNA片段化又提供了新的研究手段,進一步推動了分子生物學(xué)的研究發(fā)展。